Category Archives: Makale Özetleri

Narda (Punica granatum) Alternariosis ve diğer Fungal hastalıklar

Punicia granatumda fungal hastalıklar hasat sonrası kayıpların başlıca sorumlusudurlar. Punicia granatumdaki fungal hastalıkların çoğu bitkiye çiçeklenme döneminde bulaşıp, meyve olgunlaşana kadar belirti vermeden (latent) kalır. Diğer fungal hastalıklar da meyve hasat edilirken ya da hasat sonrası zararlandığı zaman bulaşır.

Punicia granatum‘un yaygın fungal hastalıkları Botrytis spp. tarafından yapılan Gri küf ve Penicillium tarafından yapılan Mavi küf hastalıklarıdır. Heart Rot ve Black Spot Alternaria alternata tarafından, Antraknoz ise Colletotrichum türlerine ve Coniella çürümesi de Coniella granati ye atfedilebilir.


Bu yazımızda temel olarak incelediğimiz Heart Rot hastalığının nasıl bulaştığını ve geliştiğini anlamak için Nar’ın gelişimini incelememiz gereklidir.

Heart Rot

Punicia granatumda hem hermafrodit hem erkek çiçekler aynı ağaçtadır. Erkek çiçekler bisexual olanlardan daha önce çiçek açarlar, ve böcekleri çekerler bu şekilde çiçeklerin kendi kendilerince döllenmesini azaltıp genetik çeşitliliği arttırır. Erkek çiçekte anter iyi gelişmiş olup, dişi organ gelişmemiştir, erkek çiçekler, hermafrodit çiçeklere göre daha küçüktür, Calyx çan şeklinde olup ovaryum V şeklindedir.

ilk resimde erkek çiçek görülmektedir, erkek çiçek meyve oluşturamaz. İkinci resimde Punicia granatumda görülen 3 çeşit çiçek görülmekte. Biseksüel çiçek meyve oluştururken, intermediate çiçekler daha az görülmekte olup bazen meyve oluşturabilirler.

Punica granatumun temel hastalıklarından biri Alternaria alternata tarafından yapılan Black Heart ya da Heart Rot adı verilen hastalıktır.

Soldaki resimde Alternaria alternatanın petrideki gelişimi görülürken, sağda konidileri mikroskop altında görülmektedir.

Heart Rot’un dışarıdan tespiti zordur, ve bu sebeple gıdanın işlendiği yerlerin kontaminasyonuna sebebiyet verebilir.

Solda dışarıdan sağlam gibi görünen Nar meyvesini görüyoruz, oysa meyvenin için küf tarafından çürütülmüştür.

Heart Rot hastalığı çiçeklenme ve erken meyve gelişimi dönemlerinde meyve bahçesinden, çoğunlukla yağmurdan sonra bulaşır. Narın Alternaria spp. tarafından enfeksiyonu, çiçeklenmeden hasat dönemine kadar seri inokülasyonlar kullanarak optimum enfeksiyon dönemini belirleyen Michailides ve arkadaşlarına (2008) göre çoğunlukla anter açılma aşamasında (açık çiçek) gerçekleşmektedir.

Çeşide bağlı olarak döllenmeden 5-8 hafta sonrası oluşan meyveye balausta adı verilir ve Bu daneli ve etli meyvenin en önemli morfolojik özelliği, fungus yerleşimi ve büyümesi için en uygun ekolojik nişi oluşturan kalın çiçek kaliksinin kalıntılarının kalıcılığıdır. Buna ek olarak, nekrotik stamenlerin (erkek organ) kalıcılığı, özellikle yara fungusları için ikincil kaynak görevi görür

Enfekte meyvenin sert kösele gibi kabuğu sağlıklı görünür ve sağlam kalırken, meyvenin iç çekirdeği kaliks ucundan başlayarak kısmen veya tamamen çürümüştür. Etkilenen meyve hafif anormal bir görünüm sergileyebilir. Kabuk rengi biraz daha açıktır ya da çürüme sebebi ile meyve daha hafif olabilir.

Bazı meyvelerde miseller alt lokuluslara da ulaşabilir. Sonra çok az sayıdaki meyvede miselyum tünel boyunca yürür ve alt loculusa ulaşır ve meyve olgunlaşana kadar yaklaşık üç ila dört ay boyunca latent kalabilir (Ezra ve ark., 2015b). Danelerde ilk hastalık gelişimi kahverengi yumuşak çürüklük ile belirgindir ve fungus büyüdükçe bu siyah ve kuru hale gelir. Patojen, meyve gelişimi ile birlikte içten içe yayılır ve sonuçta dane çürümesine neden olur (Zhang ve Mccarthy, 2012)

Heart Rot, hasat öncesi herhangi bir yöntem ile tedavi edilemez. Hastalığın yönetimi için bahçelerin sanitasyonu ve fungisit uygulaması tavsiye edilebilir.

A: Meyvede hastalığın yayılmasına olanak sağlayan baştan aşağı kadar uzanan “tünel”

B: Erkek organda görülen nekroz, bu nekroz hastalık için sürekli bir inokulasyon kaynağı da olabilir, bütün enfekte meyvelerde görülmez.

C: Enfeksiyonun erken döneminde renk değişimi dokuda görülebiliyor.

Alternaria meyve lekesi

Alternaria meyve lekesi adı verilen hastalık A.alternata tarafından yapılır. Meyve ve yapraklar üzerinde siyah lekeler görünür. Simptomlar meyve yüzeyinde sınırlıdır, meyve içine nüfuz etmez.

Aspergillus fruit rot

Aspergillus meyve çürüklüğü ya da iç çürüklüğü Aspergillus spp tarafından yapılır. A. alternata gibi meyve içinde çürüklük yapar ancak Heart Rot’tan farklı olarak meyve dışında da simptom gözlenir. Aspergillus niger ve Aspergillus flavus başlıca çürüklük yapan türler olmakla birlikte başka Aspergillus türleri de iç çürüklüğü yapabilirler.

A ve B aspergillus kaynaklı çürüme, heart rot olarak sayılmaz C ve D Alternaria alternata tarafından yapılmıştır. Dışarıdan meyvede simptom görülmez. Meyveler ve inner lamelada kahverengi (yumuşak) ve siyah (kuru) çürüklükler görülür.

Crown Rot

Botrytis cinera tarafından yapılır, Botrytis taç çürüklüğü denir. Ambalajlanmış haldeyken birbirine bitişik meyveler arasında bulaşabilir. Botrytis cinera gri küfler oluşturur.

Coniella Rot

Conielle çürümesi Coniella granati tarafından yapılır. Meyve dışında yağlı bir görümüm vardır. Meyve içinde yumuşak bir çürüklüğe yol açar.

Penicillium fruit rot

Genellikle Penicillium digitatum ve Penicillium italicum tarafından oluşturulur. Hasat sırasında ve sonrasında yaralanmış meyvelerde görülür.

Rhizopus fruit rot

Siyah ekmek küfü olarak da bilinen Rhizopus spp. tarafından oluşturulur. Bu saprofit fungus, ölü dokular, hasarlı dokular üzerinde ve meyve çok fazla olgunlaştığında sıcaklık ve nem uygunken gelişir.

Pomegranate anthracnose

Nar antraknozu Colletotrichum acutatum tarafından oluşturulur, başta meyve üzerinde suya benzer lekeler oluşur, sonra bu lekeler büyür, kahverengilerişir meyvenin hem kabuğunda hem içinde hasar oluşturabilir.

Alternaria alternata tarafından yapılan Alternaria iç çürüklüğünü (Heart Rot) diğer fungal hastalıklardan ayıran özelliği hastalığın meyve kabuğunda simptom vermemesidir. Ayrıca koşullara göre çok hızlı da gelişebildiğinden erken safhada tespiti çok zordur.

Önlemler

Bahçecilikte; düzensizliklerin kontrolü, dayanıklılığın arttırılması ve sağlıklı meyve üretiminin gerçekleştirilmesi uzun süreli depolama için kilit noktadır. Sulamanın düzenli yapılması, doğru ve zamanında gübreleme yanında en çok dikkat edilmesi gereken noktalardan biri yaprak uygulamaları arasında Kalsiyum gübrelemesidir. Kalsiyum; fizyolojik direnci ve hücre zarı stabilizasyonunu indükler, ürünlerin daha kaliteli olmasını sağlayarak hasat sonrası depolamayı destekler. Ayrıca çiçeklenme aşamasında ve çiçeklenmeden 1 ay sonra yapıldığında meyve çatlamasını da engeller.

Aslında, azot ve kalsiyum hastalıkların önlenmesi için anahtar kimyasal elementlerdir; ayrıca budama uygulamaları da bozukluk ve hastalık gelişimini etkileyebilir. Dünyanın bazı bölgelerinde, çoklu gövde yöntemi narlar için geleneksel yetiştirme uygulamasıdır, üç ila beş ana gövde geliştirilir ve dallar açık vazo budanır. Bu, yıldan yıla dal bakımını destekler ve hastalıklı bir dalın değiştirilmesine olanak tanır.

Tek gövde yöntemi, 30 cm yüksekliğe kadar tek bir gövde sağlar, daha sonra üç veya dört ana dala ayrılır; bu şekilde vazo şeklinin daha iyi korunması ve nar versiyonu için temel olan yeterli ışık penetrasyonu sağlanır.

YARARLANILAN KAYNAKLAR

Ibrahim Arslan's avatar

Ibrahim Arslan

Leave a comment

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

Rekabetçi, sürdürülebilir doğal insektisitler

Yazarlar : Manar Fawzi Bani Mfarrej , Fatimetou Mohamed Rara

DOI: https://doi.org/10.1016/j.chnaes.2018.08.005

ABSTRACT : Sentetik insektisitlerin insan sağlığına ve çevreye olan bir çok olumsuz etkisinden sakınmak için, doğal organik insektisitler bir alternatif olarak değerlendirilmelidir. Bu araştırmada çeşitli organik pestisitlerin ön denemeler sonucunda belirlenen 11 farklı bileşik farklı dozlarda karıştırılarak en etkili doğal organik pestisit elde edilmeye çalışıldı. Testler sonucunda bazı karışımların çok etkili olduğu görüldü. Neem yağı, Lavanta yağı ve Pamuk yağı uzun bozunma zamanları1 ile en başarılı olan pestisitler oldular. Diğer yandan sarımsak yağı ve nane yağı da yine yüksek bozunma zamanları ile efektif böcek uzaklaştırıcılar2 olduklarını gösterdiler. En etkili insektisit olarak olarak tespit edilen doğal bileşikler deneyin ikinci aşamasında tek bir insektisit yapma amacıyla karıştırıldılar. Nihai insektisit, sopa böcekleri (phasmatodea) ve karıncalar üzerinde etkili oldu.

EN AKTİF DOĞAL INSEKTISITLER


Neem yağı : Neem yağının en etkili aktif maddesi “Azadirachtin” hem bir böcek öldürücü hem de böcek uzaklaştırıcıdır. Azadirachtin böceklerin hormonlarına etki edererk büyümelerini ve yumurta bırakmalarını engeller. Bir çok bitki zararlısı ve böcekle birlikte çekirgeler, nematodlar üzerinde de etkilidir. Buna rağmen neem yağı memelilere, arılara, bitkilere ve kuşlara karşı zararsızdır.

Lavanta yağı: Lavanta, karanfil ve sarımsak yağları böcek ve parazit uzaklaştırıcı olarak; bitler, pireler, uyuz, keneler, sivrisinekler, karıncalar ve güveler üzerinde etkilidir.

Pamuk yağı ve Pirinç kepeği : Börülce kurdu(Callosobruchus maculatus), Gümüşi beyaz sinek(Bemisia argentifolli) diğer böcekler ve akarlara karşı etkilidir.

Callosobruchus maculatus
Simon Hinkley & Ken Walker, Museum Victoria – This image is found here at PaDIL, a source of images designed for Biosecurity and Biodiversity


Bemisia argentifolli
Photograph by Scott Bauer, USDA

Domates Yaprakları : Kesildiği zaman içindeki alkaloidler açığa çıkarak böcek uzaklaştırıcı etki gösterirler. Afitler ve diğer bitki zararlıları üzerinde etkilidir.

Kaynak: https://bygl.osu.edu/node/2169
Genel AdıLD50 mg/kg
Aldicarb0.93
Brodifacoum0.30
Parathion13
Methyl-parathion14
Mercuric chloride1
Phorate2
DDT113
Diazinon300
Tablo 1 : Bazı sentetik insektisitlerin LD50 değerleri
Genel AdıLD50 mg/kg
Neem Yağı32
Sarımsak850
Karanfil yağı2650
Sitrik asit3000
Lavanta yağı5000
Krizantem özü5620
Tablo 2 : Bazı doğal insektisitler için LD50 değerleri

Tablo 1 ve Tablo 2 kıyaslandığında sentetik insektisitlerin toksisitesinin ne kadar yüksek olduğu görülebiliyor. Sentetik insektisitler hem çok düşük LD50 değerleri hem de çok uzun süre bozunmadan doğada kalabilme özellikleri sebebiyle endişe yaratıyorlar.

LD50 Nedir?

“Lethal Dose” kısaltması olup uygulanan bir zehirin uygulandığı popülasyonda %50 oranında ölüme neden olduğu dozdur. Peki belirteç olarak neden %50’nin seçildiğini düşüdünüz mü? %50 ölüm oranı büyük popülasyonlar üzerinde güvenilir ve tekrarlanablir sonuçlar verir, farz-ı misal %20 ya da %80 gibi uç değerlerde varyasyon daha fazla olabilirdi, bu da sonuçların tutarlılığını azaltırdı. Ayrıca farklı maddelerin toksisitesinin karşılaştırılması için de bir ortak referans noktasıdır. Son olarak doz-yanıt eğrisinin ortasında yer alan %50 değeri, eğrinin dengeli ve anlamlı bir bölümünü temsil eder.

Araştırmanın sonuçları

En yüksek öldürücülük ve böcek uzaklaştırma özelliği olan yağlar ile en uzun parçalanma zamanına sahip yağlar karıştırılarak bir miks hazırlandı.

Neem yağı200 mL
Pamuk yağı20 mL
Lavanta yağı20 mL
Nane yağı20 mL
Sarımsak yağı20 mL
Sirke100 mL
Tablo 3 : Insektisit karşımı

Araştırmanın sınırları

Bu araştırma olanaksızlık sebebi ile sadece karıncalar üzerinde yapılan denemelerle oluşturulmuştur.

Çevirmen yorumu

Çalışmanın çoğunlukla bitkilere ciddi bir zararı olmayan karıncalar ile kısıtlı olması çok talihsiz, Ayrıca fitotoksik etkiden yani hazırlanan karışımın hangi bitkilere hangi dozlarda uygulanmasının güvenli olduğundan da hiç bahsedilmemiş. Tüm bunlara rağmen; bazı doğal esansiyel yağların böcek öldürücü ve uzaklaştırıcı etkisinin olabileceğinin bilinmesi adına bu makaleyi çevirmiş bulundum.

  1. High degradation time ↩︎
  2. Repellant ↩︎

Fotoğraf: MART PRODUCTION: https://www.pexels.com/tr-tr/fotograf/aromatik-kokulu-bitki-ortusu-aroma-8450383/

Inkjet baskı teknolojisi ile üretilmiş sensörler kullanarak mahsül verimini arttırmak ve üretim maliyetlerini düşürmek

Kaynak: https://news.wisc.edu/printed-sensors-in-soil-could-help-farmers-improve-crop-yields-and-save-money/

Yazar : Adam Malecek

University of Wisconsin–Madison mühendisleri; düşük maliyetli, real time ve sürekli olarak nitrat, sıcaklık ve nem ölçümleri ile çiftçilere azot gübrelemesinde daha doğru kararlar alabilmelerini sağlayacak sensörler üretmeyi başardı. Çiftçiler gereğinden az azot gübrelemesi yaptıklarında ürün miktar ve kalitesi düşük oluyor; gereğinden fazla azot gübresi uyguladıkları zaman da üretim maliyetleri artıyor, fazla azotun yeraltı suyuna karışma riski oluyor ve mahsüllerin fazla azottan zarar görme ihtimali oluyor.

Topraktaki azotun tespiti için kullanılan mevcut yöntemler hem yoğun işgücü gerektiren, hem pahalı hem de real-time veri sunamayan yöntemler. Bu sebeple Andrews’ın ekibi bu konuya eğilmeye karar verdi.

Bu proje için araştırmacılar bir çeşit ince film elektrokimyasal sensör olan potensiyometrik sensör üretimi için inkjet baskı teknolojisini kullandılar. Aslında zaten suda çözünmüş nitrat ölçümü için potansiyometrik sensörler kullanılıyor, ancak bu sensörler toprakta kullanılmaya uygun değiller. Kaba toprak parçacıkları sensörlere hasar verir ve hassas sonuçlar alınmasına mani olur.

Burada çözmeye çalıştığımız temel problem elektrokimyasal sensörlerin toprak içerisinde nitrat iyonlarını hassas bir şekilde ölçebilmesidir

Joseph Andrews

Peki ekip bu sorunu nasıl çözdü? Sensörün önüne polyvinylidene fluoride bir katman ekleyerek. Bu katmanın iki temel işlevi var; birincisi yaklaşık 400nm boyutlarında çok küçük porları var, bu büyüklük hem nitrat iyonlarını geçirecek kadar büyük hem de toprak parçacıklarını süzecek kadar küçük. Ikinci özelliği de bu katman hidrofilik, yani suyu kendine bir sünger gibi çekiyor.

https://doi.org/10.1002/admt.202301140

Değerli araştırmacıların makalesi Mart 2024 yılında Advanced Material Technologies dergisinde yayımlandı.

DOI : https://doi.org/10.1002/admt.202301140

Sensörümüz sayesinde çiftçiler topraktaki azot profilini ve bitkiler tarafından alınabilir azotu daha doğru değerlendirip en doğru kararı verebilecekler.

Joseph Andrews

Pestisit kokteylleri Avrupa’daki bombus arılarına zarar veriyor olabilir

Sekiz avrupa ülkesinde yapılan bir araştırmaya göre; tarımda kullanılan kimyasalların onay öncesi testleri tozlayıcı böcekler üzerindeki kümülatif etkilerini ortaya koymuyor

Kaynak: https://www.nature.com/articles/d43978-023-00186-6

Yazar : Chiara Sabelli

DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-023-06773-3

Şimdiki EU mevzuatı pestisitlerin tozlayıcı böceklere olan etkilerinin ölçümü için onay almadan önce ayrı ayrı teste girmelerini gerekli kılıyor. Ancak arazide işler böyle yürümüyor, tozlaştırıcı böcekler çok sayıda pestisite maruz kalırlar ve bunların karışımlarının etkileri de bilinmiyor. Hem pestisit direnci oluşmaması hem de tasarruf gayesi ile bir çok ilaç karıştırılıp tek seferde veriliyor.

Bu konu üzerindeki en geniş çaplı çalışmaların birinde1 Avrupa’da bombus arılarının bir pestisitten fazlasına maruz kaldığı ve maruziyet ne kadar yüksekse bunun koloninin sağlığını o kadar kötü etkilediğini gösteriyor. Araştırmacılar çok önemli bir tozlaştırıcı tür olan Bombus terrestris‘i 8 avrupa ülkesinde yaklaşık 100 farklı alana yerleştirip 300 den fazla kolonisini de inceledi. PoshBee Project2 olarak adlandırılan bu proje EU tarafından fonlandı.

Bu çalışmanın gücü onun coğrafi yayılım büyüklüğünden geliyor. Üç avrupa iklim kuşağının tamamında yapılan bu çalışmanın sonuçları oldukça sağlam ve uygun bir stateji geliştirmeye de olanak sağlar

Cecilia Costa3

Araştırmacılar ortalama olarak koloni başına 8 pestisit bulmuşlardır, ancak bazı durumlarda 27’ye kadar farklı bileşik tespit edilmiştir. Pestisit riskinin en yüksek olduğu örnekler, sadece dokuz pestisitin nispeten yüksek konsantrasyonlarını içerenlerdi ve daha yüksek pestisit riski sonucunda çiçeklenme sonrası daha küçük bir popülasyon ve bombuslarda daha az kilo artışı ile korelasyon görüldü. Yazarlar ayrıca, koloniler daha az yoğun arazi kullanımının olduğu alanlara yerleştirildiğinde pestisitlerin etkisinin hafiflediğini gözlemlemiştir.

Charlie Nicholson “Sekiz Avrupa ülkesindeki 106 tarımsal alanda 316 Bombus terrestris kolonisinden elde ettiğimiz sonuçlar, regülasyonların koloni büyüklüğünün bu tür etkilere karşı tampon oluşturabileceği sosyal bir tozlayıcı tür için bile, hedef dışı organizmalar üzerinde pestisitle ilgili etkileri yeterince önleyemediğini doğrulamaktadır. Bu bulgular, düzenleyici sürecin tarımsal pestisit kullanımının ikincil çevresel zararlarını sınırlamada yeterince koruyucu olduğunu teyit etmek için hem pestisit maruziyetinin hem de etkilerinin onay sonrası izlenmesi ihtiyacını desteklemektedir.” demektedir.

Photo by claude guegan: https://www.pexels.com/photo/close-up-of-a-bumblebee-on-a-purple-flower-17473809/

  1. https://www.nature.com/articles/s41559-022-01799-8 ↩︎
  2. https://www.poshbee.eu/ ↩︎
  3. Council for Agricultural Research and Agricultural Economy Analysis (CREA), italya ↩︎

Depremler büyük nehirlerin yataklarının yönünü aniden değiştirebilirler!

Kaynak : https://www.wur.nl/en/news-wur/show-home/earthquakes-can-abruptly-change-the-course-of-large-rivers.htm

DOI : https://doi.org/10.1038/s41467-024-47786-4

Yazarlar: Elizabeth L. Chamberlain, Steven L. Goodbred, Michael S. Steckler, Jakob Wallinga, Tony Reimann, Syed Humayun Akhter,
Rachel Bain, Golam Muktadir, Abdullah Al Nahian, F. M. Arifur Rahman, Mahfuzur Rahman, Leonardo Seeber & Christoph von Hagke 

Araştırmacılara göre 2500 yıl önce olan büyük bir deprem dünyadaki en büyük nehirlerden birinin yönünü aniden değiştirdi. Bu hafta Nature Communications dergisinde yayımlanan bir makale eski zamanlarda Bengal deltasında bilinmeyen bir depremin, Ganj Nehri’nin ana kanalını nehir avülzyonu olarak bilinen bir süreçte yeniden yönlendirdiğini gösterdi.

“Nehir avülziyonu”, bir nehrin mevcut yatağını terk ederek yeni bir yatak oluşturması anlamına gelir. Bu süreç genellikle nehirin akışındaki değişiklikler veya coğrafi etkiler sonucunda meydana gelir.

Bu çalışmanın başyazarı ve WUR araştırmacısı Liz Chamberlain “Depremlerin yol açtığı jeotehlikeleri iyi biliyoruz. Nehir yatağı değişimlerinin de tıpkı bir barajın çökmesi gibi katastrofik olabileceği açıktır. Ama bu çalışmaya kadar depremlerin Ganj gibi devasa nehirlerde nehir avulsiyonuna yol açabileceği daha önce doğrulanmamıştı. ”

Vanderbilt Üniversitesinden Steve Goodberg “Bangladeş dünyanın en yoğun yerleşim yerlerinden biridir. Zamanımızda böyle bir depremin nüksetmesi durumunda büyük taşkınlar, yer sarsıntıları yanında sediment sıvılaşmaları da görülür. Bu da Ganj kıyısındaki milyonlarca insanı etkiler olur” demektedir.

Çökelti içindeki kum arkları antik bir depremi ortaya çıkardı

Deprem ve nehir yatağının değişmesi gömülü çökeltiler incelenerek yeniden yapılandırılmıştır. Deprem anındaki sürekli sarsıntılar basınçlı kumu üstteki çamur katmanlarına enjekte edebilir. Bu fenomen deltaların yumuşak sedimentlerinde dikey kum bentleri ya da “sismitler” olarak kaydedilmiştir. Bu olgunun modern örnekleri dünyanın dört bir yanında bulunmaktadır.

Bu çalışma, temel araştırmaların doğal tehlikeleri ve bunların etkilerini tahmin etme becerimizi nasıl geliştirebileceğini açıkça göstermiştir

Fotoğraf : İlgili makaleden alınmıştır.

Justin Lawrance

Symbiosis: Daha derin bir kavrayışın peşinde

Çatışan çıkarlarına rağmen farklı türler simbiyotik ilişkide nasıl birlikte işlev görüyorlar? Yeni araştırmalarla, modern teknik ve modelleri kullanarak simbiyotik ilişkinin nasıl geliştiğinin tematik incelenmesine bir bakalım.

Kaynak : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3002595

Yazar(lar) : Thomas A. Richards, Nancy A. Moran

Simbiyoz bir yapbozdur : Biyolojik organizmaların bencil varlıklar olduğu fikrine nispet edercesine doğa, birbirine çok uzak bir çok türün “birlikte çalışmasına” olanak sağlar. Bu ekolojik etkileşimler dünyanın biyolojik sistemlerinin ortaya çıkmasının (zuhur etmesinin ) temelidir buna örnek olarak; ökaryotik hücrelerin ortaya çıkışı [1], bitkilerin dünya üzerinde kolonize olması [2], mercan resifleri ekosistemlerinin yapımı [3] Yine de bu dostluğun altını kazıdığımızda, türler arası işbirlikleri asla tam koordine değildir. Bir çok etkileşim metabolik ve koruyucu faydaların geçici maksimizasyonları olarak kalır. Uzun süreli bir ilişki biçimi olan endosimbiyozlarda bile mesela konukçu hücre içinde yaşayan bir simbiyont ilişkisinde bile seçilim her iki ayrı organizmanın gelişimi çoğunlukla partnerleri aleyhine olacak şekilde kendi lehlerine evrimleşir.

Olaya simbiyontlar açısından bakarsak; tuzağa düşürülme, genom azalması, genetik elkoyma (genetic appropriation), otonomi kaybı, dışarı atılma ve sindirilme sayılabilir. Konukçu açısından baktığımızda ortaklarınız düzensiz olarak mevcut, mutasyona uğramış ve ekolojik olarak kırılgandır, onlarla zorunlu bağlılık da bir problemdir. Bu tür dinamikler bu etkileşimleri doğası gereği istikrarsız hale getiriyor gibi görünse de simbiyotik birliktelikler sıklıkla ortaya çıkarlar ve uzunca bir süre, bazen bir çok nesil boyunca devam ederler.

Yukarıda bahsedilen ikilem simbiyoz çalışmalarına olan ilginin sebebidir. Üstelik artık bütün bu destabilize edici kuvvetlere rağmen simbiyozun hayat ağacını şekillendiren radikal evrimsel çıktılarca oluşturulduğunu biliyoruz. Biyologlar simbiyozun kökenlerini ve evrimsel geleceğini belirleyen kurallarla oldukça ilgililer.

Filogenik ve Taksonomik örüntüler üzerine yoğunlaşmak önemli bir temadır. Böyle bir tema da endosimbiyotik bakterilerin genom kompozisyonlarının konukçu hücrelerdeki zorunlu birlikteliklere yanıt olarak nasıl değiştiğidir. Bazı durumlarda bu bakteriler hücrelerin nasıl işlediğine dair mevcut bilgilerimize meydan okuyan radikal değişiklikler geçirmişlerdir. McCutheon ve Arkadaşları “Bu kadar az genle bu tür sistemler nasıl yaşayabilir” sorusunu araştırarak bu konuyu incelemektedirler.

Simbiyotik sonuçların temelini oluşturan mekanik biyoloji büyüleyicidir. Bu alanın en ilginç geleceği de burada yatıyor. Karmaşık çok yönlü simbiyotik etkileşimler nasıl ortaya çıkar? Ortak özgüllüğü nasıl yürürlüğe girer? Sömürüye ve dolayısıyla etkileşimin çöküşüne yönelik güçlü evrimsel zorunluluk altında istikrar nasıl korunur? Mekanik ve genetik anlayışı evrimsel analizle birleştirerek, simbiyozların nasıl ortaya çıktığı hakkında doğrudan bir fikir edinebiliriz. Ancak bir dizi sistem için bu görüşe sahip olduğumuzda, eğer varsa, birleştirici temaları arayabiliriz.

Referanslar

1. Archibald JM. One Plus One Equals One: Symbiosis and the Evolution of Complex Life. Oxford University Press; 2014.

2. Delwiche CF, Cooper ED. The Evolutionary Origin of a Terrestrial Flora. Curr Biol. 2015;25:R899–R910. pmid:26439353

3. Knowlton N, Rohwer F. Multispecies microbial mutualisms on coral reefs: the host as a habitat. Am Nat. 2003;162(4 Suppl):S51–S62. pmid:14583857

4. Keeling PJ, McCutcheon JP. Endosymbiosis: The feeling is not mutual. J Theor Biol. 2017;434:75–79. pmid:28624393

5. Vellai T, Vida G. The origin of eukaryotes: the difference between prokaryotic and eukaryotic cells. Proc Biol Sci. 1999;266:1571–1577. pmid:10467746

6. Archibald JM. Symbiotic revolutions at the interface of genomics and microbiology. PLoS Biol. 2024.

7. McCutcheon JP, Garber AI, Spencer N, Warren JM. How do bacterial endosymbionts work with so few genes? PLoS Biol. 2024.

8. Brockhurst MA, Cameron DD, Beckerman AP. Fitness trade-offs and the origins of endosymbiosis. PLoS Biol. 2024.

9. McFall-Ngai M. Symbiosis takes a front and center role in biology. PLoS Biol. 2024.

10. Souza LS, Solowiej-Wedderburn J, Bonforti A, Libby E. Modeling endosymbioses: Insights and hypotheses from theoretical approaches. PLoS Biol. 2024.

11. Woznica A. What choanoflagellates can teach us about symbiosis. PLoS Biol. 2024.

12. Dingemanse NJ, Guse A. Linking cell biology and ecology to understand coral symbiosis evolution. PLoS Biol. 2024.

13. Partida-Martínez LP. Fungal holobionts as blueprints for synthetic endosymbiotic systems. PLoS Biol. 2024.

14. Jenkins BH. Mutualism on the edge: Understanding the Paramecium–Chlorella symbiosis. PLoS Biol. 2024.

    https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002595

    Bu çalışmanın çevirisinde deepL.com‘dan yararlanılmıştır.

    Fungal sporlarda dormansinin kırılması : Koordine bir geçiş

    Yazar : Sjoerd Johan Seekles

    Kaynak : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3002077

    Mini Sözlük

    PLOS“Public Library of Science” kelimelerinin kısaltmasıdır. PLOS, 2001 yılında kurulmuştur ve bilimsel araştırmaları serbestçe erişilebilir kılmak için open source yayıncılığının öncülerinden biridir. PLOS dergilerinde yayımlanan makaleler, genellikle herkese açık olarak sunulur ve okuyucuların ücretsiz olarak erişmesine izin verilir. Bu şekilde, bilimsel bilgiye erişimdeki engelleri kaldırarak, daha geniş bir kitleye bilimsel araştırmalara erişim imkanı sağlarlar
    www.plos.org
    ChaperoneEşlikçi
    Trehaloseİki glikoz molekülünün alfa-1,1-glikozidik bağ ile birleşmesiyle oluşan bir disakkarittir. Böceklerin ve Fungilerin stresli koşullarda enerji kaynağıdır.
    Dormancyinaktif, uyku hali
    proteomeçekirdek ve organellerin genomları tarafından ifade edilen tüm proteinler

    Dormant spordan çimlenmeye geçiş hem bir çalışma hem de bir tartışma konusu olagelmiştir. PLOS Biology’de yayımlanan yeni bir buluş proteomun çözülmesinde Chaperone Hsp42‘nin hayati bir önem taşıdığını, trehalozun rolünü de gözardı etmeden gösterdi.

    Fungal sporlar; yüksek sıcaklık ve yüksek UV maruziyeti gibi extreme koşullarda hayatta kalabilen strese dirençli hücre türleridir. İşte bu yüksek stress dirençleri onların önleyici muamelelerden kaçıp infeksiyonlara ve gıdalarda bozulmalara yol açabilmelerini sağlar. Dahası, fungal sporlar dormanttılar, metabolik olarak neredeyse bir inaktif olma hali ona dormanside 17 yıla kadar canlılıklarını sürdürebilen sporlar vardır.

    Fungal sporlar hayatta kalmalarını sağlamak için yüksek konsantrasyonlarda, uygun çözünenler (compatible solutes)Top ve küçük koruyucu proteinler biriktirirler. Toplam iç uyumlu çözünenlerin konsantrasyonunun 1M olabildiği raporlanmıştır. Comptible solutes ve proteinler sebebiyle fungal sporun sitoplazması çok viskozdur(akmazlık). Yüksek strese karşı direnç oluşturmanın yanında bu artmış viskozite sebebiyle spor içi metabolik aktivite arrest olur. Fungal sporun sitoplazması yüksek konsantrasyonda trehalose olması durumunda hücre içi Glassy state adı verilen camsı durumdadır denebilir. Camsı durumda moleküller, özellikle proteinler serbest hareket edemezler. Camsı durumdaki bir ortamda artık proteinler esnekliklerini yitirmişlerdir ve fonksiyonel katlanmalarını yapamazlar. Bu sebeple camsı halde enzimler korunmuş halde olmalarına rağmen (bozulmamış olmalarına) inaktiftirler.

    Peki nasıl oluyor da metabolik aktiviteleri sınırlanmış olan dormant sporlar hemen hemen inaktif formdan canlı çimlenmeye geçebiliyor?

    PLOS Biology dergisinde Samuel Plante ve arkadaşları tarafından yayımlanan ” Breaking spore dormancy in budding yeast transforms the cytoplasm and the solubility of the proteome ” adlı makalede, adamakıllı bir geçiş sürecinin en azından bir kısmının chaperones özellikle de Hsp42 tarafından yönetildiğini gösterdi. Bu ısı şoku proteinleri çimlenmenin erken başlangıç aşamasında fosforilasyonla aktifleniyor ve dormansinin kırılıp çimlenmeye geçilmesinde proteinlerin doğru bir şekilde çözülmesini sağlıyor. Hsp42 içermeyen fungus suşları olanlara göre yavaş çimlenirler ve çok viskoz sitoplazmadan normal sitoplazmik viskoziteye de daha yavaş geçerler. Şimdi bu durum aslında trehaloz konsantrasyonu ile de alakalı olabilir; çünkü Plante ve arkadaşları gösterdi ki Hsp42 içeren funguslarda içermeyen Wild-type sporlara göre trehaloz konsantrasyonu daha yüksek bulunmuştur. En önemlisi; Hsp42 proteinini içerip fosforilize edilemeyen amino asit rezidüleri içeren mutantlarda protein, çimlenme boyunca protein aktive olamıyor ve çimlenme daha yavaş seyrediyor. Binaenaleyh; sitoplazmanın çimlenmenin erken dönemlerinde en azından bir noktada chaperone Hsp42 sürecin yönetimini sağlıyor.

    thumbnail

    https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002077.g001

    Plante ve arkadaşlarınca tanımlandığı gibi; proteinlerin değişik çözünürlük seviyeleri vardır, bu da belli proteinlerin doğal fonksiyonlarını diğerlerinden önce kazanacağı anlamına geliyor. Bu buluş bize çimlenme olayında yeni bir bakış açısı kazandırmaktadır, proteinlerin yalnızca varlığı ve bolluğu değil, çimlenme anında içinde bulundukları durumun da önemini ortaya koymaktadır.

    İlginçtir ki; Plant ve arkadaşlarının çalışması dormant bir sporun sterese tepki olduğu ve çimlenmenin de de stres giderici olduğu hipotezi olduğu fikri ile başlamıştır. Gerçekten de dormant sporlar strese girmiş vejetatif hücreler ile aynı tepkileri paylaşırlar. Plante ve arkadaşları; tomurcuklanan bir maya içinde vejetatif hücreye göre daha düşük bir pH ve daha düşük partikül hareketi olduğunu gözlemlemişlerdir. Stres altındaki bir vejetatif hücrede hücre içi asitliğin ve viskozitenin arttığı daha önceki çalışmalarda gösterilmişti. Ek olarak fungal sporların küçük koruyucu proteinler ve uygun çözeltiler biriktirdiklerini biliyoruz ki bu da stres tepkisi ile paralellik gösterir.

    Fungal sporların sabit bir sterese yanıt olduğu ilginç bir hipotezdir ve bu çalışmadaki faydalı karşılaştırmalar ile doğrulanmıştır

    Sjoerd Johan Seekles

    Plante ve meslektaşları tarafından sunulan çalışma, bu proteinler için sporlarda, yalnızca dormant sporun kendi başına koruyucusu olarak değil, aynı zamanda proteomun çimlenme üzerine uygun şekilde çözülmesini ve yeniden katlanmasını sağlamak için yeni bir rol göstermektedir. Gelecekteki araştırmalar, proteom resolübilizasyonunda yer alan potansiyel diğer chaperon ve bu fenomenin maya askosporuna özgü olup olmadığına odaklanabilir. Ek olarak, trehaloz birçok mantar sporu türünde biriktiğinden ve sporun viskoz sitoplazmasının ana nedenlerinden biri olarak kabul edildiğinden, trehalozun protein resolübilizasyonundaki potansiyel rolünün daha fazla araştırılması gerekir

    Kaynaklar
    1. 1. Dijksterhuis J. Fungal spores: Highly variable and stress-resistant vehicles for distribution and spoilage. J Food Microbiol. 2019;81:2–11. pmid:30910084
    2. 2. Wyatt TT, Wösten HAB, Dijksterhuis J. Fungal spores for dispersion in space and time. Adv Appl Microbiol. 2013;85:43–91. pmid:23942148
    3. 3. Nagtzaam MPM, Bollen GJ. Long shelf life of Talaromyces flavus in coating material of pelleted seed. Eur J Plant Pathol. 1994;100:279–282.
    4. 4. Olgenblum GI, Sapir L, Harries D. Properties of aqueous trehalose mixtures: Glass transition and hydrogen bonding. J Chem Theory Comput. 2020;16:1249–1262. pmid:31917927
    5. 5. Sampedro JG, Rivera-Moran MA, Uribe-Carvajal S. Kramers’ theory and the dependence of enzyme dynamics on trehalose-mediated viscosity. Catalysts. 2020;10(6):659.
    6. 6. Plante S, Moon K-M, Lemieux P, Foster LJ, Landry CR. Breaking spore dormancy in budding yeast transforms the cytoplasm and the solubility of the proteome. PLoS Biol. 2023; 21(4):e3002042.
    7. 7. Munder MC, Midtvedt D, Franzmann T, Nüske E, Otto O, Herbig M, et al. A pH-driven transition of the cytoplasm from a fluid- to a solid-like state promotes entry into dormancy. Singer RH, editor. eLife. 2016;5:e09347. pmid:27003292
    8. 8. Leeuwen MR, Krijgsheld P, Bleichrodt R, Menke H, Stam H, Stark J, et al. Germination of conidia of Aspergillus niger is accompanied by major changes in RNA profiles. Stud Mycol. 2013;74:59–70. pmid:23449598
    9. 9. Punt M, Brule T, Teertstra WR, Dijksterhuis J, Besten HMW, Ohm RA, et al. Impact of maturation and growth temperature on cell-size distribution, heat-resistance, compatible solute composition and transcription profiles of Penicillium roqueforti conidia. Food Res Int. 2020;136:109287. pmid:32846509
    10. 10. Chen S, Fan L, Song J, Zhang H, Doucette C, Hughes T, et al. Quantitative proteomic analysis of Neosartorya pseudofischeri ascospores subjected to heat treatment. J Proteomics. 2022;252:104446. pmid:34883268

    Samuel Plante’ın makalesi : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3002042

    Pestisit kullanımını kesmek kulağa hoş geliyor, peki mümkün mü?

    Fotoğraf: Rosyid Arifin: https://www.pexels.com/tr-tr/fotograf/adam-alan-yaz-kirsal-bolge-13882449/

    Fotoğraf: Abdul batin: https://www.pexels.com/tr-tr/fotograf/adam-kirsal-bolge-ciftlik-ciftci-13034936/

    Yazar : Wageningen news

    Pestisitlerin kullanımı çokça tartışılan bir konu. Kağıt üzerinde pestisit kullanımını dikkate değer bir miktarda düşürmek bazı akıllıca müdahalelerle mümkün, ama iş sahaya geldiğinde kazın ayağının pek öyle olmadığı ortaya çıkıyor. Başarılı bir yeşil inovasyon; bitki yetiştirme, teknoloji, ekoloji ve davranış bilimleri bilgisini gerektirir.

    İstatistikleri incelediğimizde pestisitlerin tarla bitkileri ve meyvecilik için kilit bir rolü hala oynadığı açıktır. Her yıl Hollanda’da 9.000.000 kg’dan fazla pestisit satılmaktadır. Pestisitler içinde de fungisit ve herbisitler ağırlıkta, glyphosate (glifosat) satış miktarı 700.000 kg tutuyor. Çiftçiler bu ürünlere dünyanın parasını iyi bir hasat elde edebilmek (miktar olarak) ve ürünlerinin kalitesini korumak amacıyla ödüyorlar. Eğer bu paraları ödemeselerdi Hollanda patates rekoltesi Phytophtora infestans sebebiyle çok daha az olacak, ve çiçek soğanları gibi ihraç edilen ürünler bitki virüsleriyle kötü biçimde zarar görürdü.

    Yüzey Suyu

    Pestisit kullanımının iz bırakacağını öngörmek için alim olmaya gerek yok. Tabii ki bu kalıntılar biyoçeşitliliği riske atar çünkü bir aktif madde aynı şekilde böceklere için de zararlı olabilir. Neonikotonoidler böcekler tarafından yapılan zararla mücadele ederler ama kalıntıları su böcekleri için de toksiktir. Su böcekleri, bir çok balık için besin kaynağıdır. 2014 senesinden beri pestisit kullanımı düşmekle birlikte yüzey suyu kalitesi standartları anlamında Hollanda, Avrupa birliği standartlarını sağlamaktan çok uzaktır.

    Toprak bozunumu ve Arazi yönetimi profesörü Violette Geissen’in yaptığı araştırmaya göre; en yüksek miktar ve konsantrasyonda pestisit iç mekan toz örneklerinde bulunur, ve geleneksel çiftçilerin maruziyeti daha da fazladır. Ama tehlikeli pestisit kalıntı karışımları neredeyse bütün ekosistem matrislerinde tespit edildi.

    Geissen : EFSA(European Food Safety Authority)nın çevredeki pestisit dağılımıyla ilgili öngörüleri pestisitlerin havadaki dağılımı (wind erosion) ve buna benzer uzun mesafe taşınımlarını göz önüne almaz. Bu sebeple bir çocuğun ya da hamile bir kadının bir soruna yol açmaksızın bu saçıntıdan ne kadar havayı içine çekmesinin gerektiğini bilmiyoruz. Çünkü hava ve ev tozları izlenmiyor, biz de ölçüm almadığımız için sanki bu konuda bir sorun yokmuş gibi davranıyoruz. Bu maruziyetlerin olası etkilerini dikkate almamız gerektiğini düşünüyorum

    Pestisitlerin toksikolojik etkileri üzerine çalışmalar yapılsa bile pestisit karışımları için bu çalışmalar yapılmıyor. Geissen’e göre; hücreler ve hayvanlar üzerinde yapılacak araştırmalar bu konuya ışık tutabilir ve nihayetinde bunlarında da toksikolojik normları oluşturulabilir.

    Şu anda ev tozlarında bulunan pestisit karışımlarına maruz bıraktığımız bağırsak mikrobiyomu ile akciğer ve bağırsak hücrelerini kullanarak deneyler yapıyoruz. Ayrıca pestisit karışımlarının topraktaki etkilerine; örneğin solucanların üremesi üzerindeki etkilerine bakıyoruz. Göründüğü kadar zor işler değil, ama bu araştırmaları yapmak için iradeye ihtiyacınız var

    Giessen

    “

    Daha keskin sınırlar

    Wageningen Ekonomik Araştırma’da kıdemli Bitki Sağlığı araştırmacısı olan Johan Bremmer “Pestisitlerin değerlendirme kriterleri yeni araştırmalar ışığında sürekli olarak netleştiriliyor.” Ayrıca ekliyor “Rachel Carson’ın 1962 basımı Silent Spring eseri yayımlandığından beri DDT’ye karşı oluşan bilincin açtığı yolu takip ediyoruz”

    Pestisitlerin Neonicotinoid ve Glyphosate sırasıyla böcekler üzerindeki negatif etkileri ve Parkinson ile Kansere yol açma potansiyelleri yüzünden mercek altındalar.

    Bremmer’in 2021 yılında The Future of Crop Protection in Europe raporunda gösterdiği gibi pestisit kullanımını azaltmak için çeşitli yöntemler vardır.

    Bremmer : Daha dayanıklı çeşitler yetiştirmekte, mekanik yabani ot kontrolü yapmakta, ya da bir yazılım kontrolü ile doğru zamanda doğru pestisit uygulamakta tercih kılabilirsiniz. Bu sizi daha önce yaptığınız gibi takvime göre ilaçlama yapmaktan alıkoyar. Gerçi bu mahsülü değerlendirmek için ve zamanında önlem alabilmek için kahvede kağıt oynamak yerine tarlanıza sık sık gitmeniz anlamına gelir. Bu şekilde pestisit kullanımı ciddi miktarlarda azalabilir.

    Bremmer ve arkadaşlarının çalıştığı bir senaryo çalışmasında; pestisitlerin yarıya düşürülmesi en yeni teknikler kullanıldığında bile özellikle buğday, mısır, domates ve üzümde ürüne bağlı olarak rekolteyi %30’a kadar düşürebilir. Bunun bir sonucu olarak hem ithalat mecburiyeti hem de fiyat artışları görülür.

    Kullanımdaki farklılıklar

    Bir süre önce Bremmer, meslektaşlarından birinin çiftlikler arası pestisit kullanım miktarları arasındaki farkı incelediğinde en çok kullanılan miktarlar en az kullanılan miktar arasında beş kata kadar farklılık göründüşünü söylüyor. En az kullanan ile en çok kullanan çiftçi arasında benzer performanslar olduğunu düşünün, o zaman pestisit miktarında azalma çok kolay ulaşılan bir hedef olurdu. Ama bu kadar kolay değil, çünkü deneyim, girişimcilik becerileri, risk değerlendirmesi ve maliyetler ile müşteri gereksinimlerini düşünmek gibi özellikler çiftçilikte çok önemlidir. yani pestisiti az kullananlar birazcık da çaba sarfederler ve çok pestisit kullananlarla eşitlenirler fikri temelsizdir. Çiftçilik becerileri bir sezonda edinilebilecek nitelikler değildir, işi yapmayı, iş üstünde olmayı gerektirir.

    Geçtiğimiz yıldan bugüne Bremmer, çevreci yeniliklerin kullanımı konusunda tarımsal uygulamaların neden geride kaldığını araştıran bir Avrupa birliği projesi olan SUPPORT’un koordinatörlüğünü yürütüyor. Bremmer “Pek çok gelişme olmasına rağmen bunların tarımda uygulamaya girmeyişinin nedenlerini araştırmak, daha az pestisit kullanımı için çiftçileri nasıl ikna edebileceğimiz ile ilgili çok önemli bir soru”

    Stratejileri birleştirmek

    Mahsül uzmanları (Crop experts) ve çiftçilerden alınan dönütler yardımıyla yeni ve daha sağlam ve esnek çiftlik sistemlerinin kurulmasıyla pestisitlere olan ihtiyaç azaltıldı. Buradaki temel yaklaşım hastalık ve yabani otların yaşam döngüsünü bir noktada sekteye uğratmaktan geçiyor. Eğer bunlara rağmen pestisit kullanımı gerekiyorsa onu da hassas tarım tekniklerini kullanarak yapıyoruz.

    Hollandadaki elma bahçelerine musallat olan fungisit tür sayısı yaklaşık olarak 20 dir. Elma çiftçilerimiz bir sezon boyunca yaklaşık olarak 25 kere ilaçlama yaparlar. Burada kilit rol rutubetindir. Nemli havalar fungi sporlarının çimlenmesini kolaylaştırır. Binaenaleyh eğer elma ağacını ve meyvesini kuru tutabilirseniz, bu fungilerin hayat döngüsünü kırmanın en kolay uygulanabilir stratejisi olacaktır.

    WUR araştırmacıları elma ağaçlarını ve meyvelerini kuru tutmak için açılır kapanır çatı sistemi tasarladılar. Böylece ne kadar kuru elma o kadar az ilaçlama. Bu basit ama etkili yöntemin etkili olmadığı bir hastalık da var; Mildiyö (powdery mildew). Çünkü mildiyö kuru koşullarda da gelişebiliyor. Sonuçta enfekte dallara çok az bir fungisit kullanarak hassas ilaçlama yapılabilir. Eğer hiç fungisit kullanmamayı istiyorsak o zaman da dayanıklı çeşitler seçmeliyiz.

    Avrupa pestisit kullanımını nasıl ölçüyor?

    Pestisitler “Harmonized Risk Indicator” denen gösterge ile kategorilenir. Bunlar; Düşük riskli, Normal, Ikame adayı ve Yasaklı maddeler olarak sınıflandırılırlar.

    Ağırlık faktörü düşük riskli maddeler için 1, normal maddeler için 8, ikame adayları için 16 ve yasaklı maddeler için 64’tür. Ülke başına toplam kullanımı elde etmek için satılan kilo sayısı ağırlık faktörü ile çarpılmalıdır. Kullanılan miktarlardaki herhangi bir değişiklik, 2015 ila 2017 referans yıllarındaki ortalama ile karşılaştırılır

    Büyük tarım ticareti

    Wageningen Plant Research’te tarla bitkileri üzerine araştırma yapan Pieter de Wolf’e kulak verelim;

    de Wolf: Pestisit kullanımını azaltacak mebzul olasılık var olmasına rağmen konu ile ilgili somut bir tartışma yapmak gittikçe zorlaşıyor. Çünkü kutuplaşmanın olduğu yerde ayrıntılı tartışmalar yapamıyorsunuz, konu “sen Abdülhamit’i savundun” seviyesine çekiliyor. Glyphosate; zehirli, kimyasal ve doğal olmayan büyük tarım ticaretini temsil etmeye başladı. İnsanlar her şeyi mutlak iyi ve kötü olarak çerçeveliyorlar: ya pestisitlerin yanındasınız ya da karşısındasınız. Eğer uzmanlığıma dayanarak glifosat kullanımını dışlamak istemezsem beni hemen üretici Bayer’in adamı olmakla suçluyorlar. Oysa yapmaya çalıştığım şey mesleki birikimime dayanarak olası bir glyphosate yasağının sonuçlarının olumsuz yanları olabileceğini de söylemek. Hatta bence yasak, getirdiğinden daha fazla şey de götürebilir. Glyphosate yasaklanınca çiftçiler hemen başka daha az etkili ve daha riskli diğer kimyasallara yönelirler. Kimyasal olmayan yöntemlerin de dezavantajları var; yabani otlarla mekanik veya termik yöntemlerle savaşmak demek daha fazla tarla trafiği ve çok daha fazla enerji sarfiyatı demek. Daha az kimyasal kullanma arzusu, daha kötü bir iklime de yol açabilir.

    Bu çok güzel makalenin tamamını telif yasaları sebebi çeviremiyoruz. makalenin tamamını aşağıdaki adresten okuyabilirsiniz.

    Kaynak: https://www.wur.nl/en/news-wur/show-1/cut-pesticide-use-but-how.htm

    Moleküler bitki patolojisinde en önemli 10 virüs

    Özgün makale adı: Top 10 plant viruses in molecular plant pathology
    Yazarlar : KAREN-BETH G. SCHOLTHOF, SCOTT ADKINS, HENRYK CZOSNEK, PETER PALUKAITIS, EMMANUEL JACQUOT, THOMAS HOHN, BARBARA HOHN, KEITH SAUNDERS, THIERRY CANDRESSE, PAUL AHLQUIST, CYNTHIA HEMENWAY, GARY D. FOSTER
    DOI : https://doi.org/10.1111/j.1364-3703.2011.00752.x

    Bir çok bilimci, hepsi olmasa bile, kendi çalıştıkları bitki virüsünün “en önemli virüsler listesi”nde olması gerektiğini düşünür, ancak burada şöyle bir sorun var, böyle bir liste yok!

    Bu review’in amacı Molecular Plant Pathology dergisi ile bağlantı halindeki araştırmacılarla bir anket yapıp bilimsel ve ekonomik önem kriterlerine göre “Top 10” listesinde yer alabilecek virüsleri sorup böyle bir listeyi hazırlamaktır. Uluslararası topluluktan 250 kadar araştırmacı ile yapılan anket sonucunda bir liste hazırlandı.

    Table 1. Top 10 Bitki Virüsleri. Bu tablo Molecular Plant Pathology dergisinin yaptığı anket sonucu uluslararası bitki patoloji camiasınca yanıtlanan ankete göre hazırlanmıştır.

    RankVirusAuthor of virus description
    1Tobacco mosaic virus (TMV)Karen-Beth G. Scholthof
    2Tomato spotted wilt virus (TSWV)Scott Adkins
    3Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV)Henryk Czosnek
    4Cucumber mosaic virus (CMV)Peter Palukaitis
    5Potato virus Y (PVY)Emmanuel Jacquot
    6Cauliflower mosaic virus (CaMV)Thomas Hohn and Barbara Hohn
    7African cassava mosaic virus (ACMV)Keith Saunders
    8Plum pox virus (PPV)Thierry Candresse
    9Brome mosaic virus (BMV)Paul Ahlquist
    10Potato virus X (PVX)Cynthia Hemenway

    Virüsler konusunda oldukça bilgilendirici olan makalenin tamamının linkini aşağıda verdik. Makalenin tamamında listedeki tüm virüsler Tablo 1’deki yazarlar tarafından derli toplu bir şekilde açıklanmış ve neden bu listeye girdikleri kısaca tartışılmıştır.

    Kaynak : https://bsppjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1364-3703.2011.00752.x

    Multispectral görüntüleme ve Uzamsal-Spektral Makine öğrenimini kullanarak bitki virüs enfeksiyonlarının erken tespiti üzerine bir makale

    24 Şubat 2022

    Özgün Makale Adı : Early detection of plant virus infection using multispectral imaging and spatial–spectral machine learning

    Yazarlar : Peng, Y., Dallas, M.M., Ascencio-Ibáñez, J.T. et al. Early detection of plant virus infection using multispectral imaging and spatial–spectral machine learning. Sci Rep 12, 3113 (2022).

    DOI:https://doi.org/10.1038/s41598-022-06372-8

    Uzamsal veri ve Spektral veri nedir?


    Uzamsal veri ; bir görüntünün ya da veri setinin coğrafi konumuna ya da yapısına ait veri iken
    Spektral veri ; Farklı dalga boylarındaki ışığın incelenen nesne tarafından emilme-yansıtılma miktarına ilişkin verileri ifade eder.

    Cassava (Manyok) kahverengi çizgi virüsü, cassava üretimine darbe vurabilecek önemli bir viral hastalıktır. Aslında diğer tüm bitki hastalıklarında olduğu gibi CBSD’nin erken teşhisi daha iyi ürün yönetimi ve daha iyi mücadeleyi sağlar. Hali hazırdaki teknikler yoğun emek gerektiren ve çoğu zaman hatalı sonuçlar verebilen laboratuvar cihazları gerektirir. Makaleyi yazan araştırıcılar el tipi aktif bir multispektral görüntüleme cihazı geliştirdiler. (a handheld active multispectral imaging (A-MSI) device) Bu cihazdan elde edilen verileri de makine öğrenmesi ile birlikte kullanarak gerçek zamanlı bir erken tanı cihazı yapmış oldular. Aktif Multispectral görüntüleme cihazının, pasif MSI cihazından temelde farkı ve avantajı gelişmiş spektral sinyal/gürültü oranı ile Temporal (zamansal) tekrarlanabilirliktir. Makine öğrenmesinde Informasyon birleştirme teknikleri kullanılarak, aktif multispectral görüntüleme ile elde edilmiş olan uzamsal (spatial) ve spektral bilgiler; sağlıklı ve CBSD+ bitkilerin hem duyarlı hem tolerant çeşitlerine inokulasyondan 28 gün gibi kısa bir süre sonra ayrımının yapılabilmesini sağlar. Sözkonusu cihazın uygulamaları çiftçilerin sağlıklı bitkilere ulaşma şansını artırır ve Afrika kıtasında CBSD kaynaklı verim kayıplarını engelleyebilir. Ayrıca yazarlar cihazın başkaca abiyotik ve biyotik stres unsurlarının tespiti için kullanılabileceğini düşünüyorlar. Malum, gerçek dünyada bitkiler bir sürü çevresel, patojen ve çoklu zararlı tehtidi altındadırlar.

    Deneme 2’ye ait enfeksiyon sonuçları. (a) TME204 bitkisinin yapraklarına ait 7, 28, 52 ve 87 dpi. lık görüntüler. Her yaprak için simptom skorları parantez içindedir. Beyaz oklar simptom skoru 2 olan örneklerin karakteristik soluk sarı lekelerini göstermektedir. (b) 7 ve 87 günler arası ortalama skorlar (c) Total RNA extractlarının End-point RT-PCR izolatları; Muamelesiz (U), yalancı inokulasyon (M), ve UCBSV-aşılanmış bitkinin 88 dot per inch görüntüsü. Üst panelde UCBSV’ye karşılık gelen 445-bp’lik bir bant gösterilmektedir. Alt panel pozitif kontrol görevi görmektedir.

    (a) Araştırmacılarca geliştirilmiş A-MSI sistemi ve (b) bu sisteme ait LED halka ile sensör and sensör odacığı (sensing chamber)

    Sharable link :

    https://rdcu.be/dBcEX


    Telif : This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons CC BY license, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. You are not required to obtain permission to reuse this article.